Jeśli teren sąsiaduje z obszarami wchodzącymi w skład Natury 2000 konieczne jest uzyskanie (jeszcze przed wystąpieniem z wnioskiem o pozwolenie na budowę) decyzji środowiskowej i innych, odpowiednich zezwoleń. Jeśli inwestor takich decyzji nie uzyska musi liczyć się z nakazem likwidacji prowadzonej działalności.
Celami projektu Natura 2000 jest zachowanie określonych typów siedlisk przyrodniczych oraz gatunków, uważanych za cenne i zagrożone w skali Europy. A także ochrona różnorodności biologicznej na takich terenach. Na chwilę obecną w Polsce sieć Natura 2000 zajmuje niemal 20 proc. powierzchni lądowej.
Decyzje, czy dany obszar można zakwalifikować jako strefę ochronną Natura 2000, opierają się wyłącznie na podstawie naukowych kryteriów przyrodniczych. Nie zaś gospodarczych, ekonomicznych czy nawet społecznych. W praktyce oznacza to, że granice obszarów Natura 2000 nie mogą zatem podlegać zmianom dostosowującym ich przebieg do planowanych przedsięwzięć. Czy też innych oczekiwań gospodarczo-przemysłowych danych społeczności lokalnych. Czyli w rzeczywistości społeczność lokalna oraz inwestorzy niezmiernie rzadko mają możliwość sprzeciwu wobec takiej dyspozycji. Lokalne uwarunkowania gospodarcze i społeczne będą uwzględniane dopiero na etapie funkcjonowania sieci i zarządzania poszczególnymi obszarami wchodzącymi w skład Natura 2000. Chodzi konkretnie o formułowanie planów ochrony lub planów zadań ochronnych dla poszczególnych obszarów Natura 2000. Dlatego bardzo często dochodzi do sytuacji, w których inwestycje są blokowane ze względu na sąsiedztwo obszaru wchodzącego w skład programu.
Zdarza się nawet, że z powodu sąsiedztwa z Naturą 2000 inwestorzy otrzymują nakaz likwidacji prowadzonej przez siebie działalności. Za przykład może posłużyć nakaz likwidacji fermy zwierząt futerkowych na terenie graniczącym bezpośrednio z obszarami Natura 2000. Już samo prawdopodobieństwo negatywnego wpływu hodowli skłoniło organ do wydania takiej decyzji.
We wspominanej sprawie sąd powoływał się na art. 37 prawa ochrony przyrody. Zgodnie z nim, w sytuacji, gdy wszelkie działania, które mogły znacząco negatywnie oddziaływać na cele ochrony obszaru Natura 2000 podjęto bez uzyskania odpowiednich zezwoleń (m.in. decyzji o środowiskowych uwarunkowaniach lub uzgodnienia z regionalnym dyrektorem ochrony środowiska, w rozumieniu ustawy z dnia 3 października 2008 r. o udostępnianiu informacji o środowisku i jego ochronie, udziale społeczeństwa w ochronie środowiska oraz o ocenach oddziaływania na środowisko) regionalny dyrektor ochrony środowiska, a na obszarach morskich – dyrektor właściwego urzędu morskiego, wydaje decyzję, w której nakazuje, ich natychmiastowe wstrzymanie lub podjęcie działań zapobiegawczych lub naprawczych.
A więc Natura 2000 oznacza dla potencjalnych inwestorów również dodatkowe formalności administracyjne.
Realizacja inwestycji na terenach sąsiadujących z obszarem Natura 2000 wiązać się będzie najczęściej z uzyskaniem – jeszcze przed wystąpieniem z wnioskiem o uzyskanie innych decyzji administracyjnych, takich jak m.in. pozwolenie na budowę – decyzji o środowiskowych uwarunkowaniach oraz przeprowadzenia oceny oddziaływania na obszar Natura 2000.
Postępowanie w sprawie wydania decyzji o środowiskowych uwarunkowaniach wszczyna się na wniosek podmiotu planującego podjęcie realizacji danego przedsięwzięcia. Po uprzednim przeprowadzeniu oceny oddziaływania przedsięwzięcia na środowisko właściwy organ wydaje taką decyzję. Zaś inwestor musi dołączyć ją do wniosku o wydanie dalszych decyzji administracyjnych. (m.in. decyzji o pozwoleniu na budowę, decyzji o zatwierdzeniu projektu budowlanego, decyzji o pozwoleniu na wznowienie robót budowlanych, decyzji pozwalającej na zmianę sposobu użytkowania obiektu budowlanego lub jego konkretnej części, decyzji o warunkach zabudowy i zagospodarowania terenu). Na złożenie takie wniosku przysługuje okres czterech lat licząc od dnia w którym decyzja środowiskowa stała się ostateczna.